Департамент науки и внедрения является одним из основных подразделений университета, ответственным за повышение интеллектуального потенциала университета, его филиалов и других структурных подразделений с точки зрения подготовки научных и педагогических кадров, обеспечения эффективности работы аспирантов, соискателей и докторантов (PhD) кафедр, а также стимулирования защиты кандидатских и докторских диссертаций в установленные сроки. Разрабатывает концепции создания технопарков, научных лабораторий и научно-исследовательской деятельности по научным направлениям и вовлечения студентов и преподавателей в инновационную деятельность, инновации и творчество, на уровне кафедр и факультетов обеспечивает создание творческих кружков самопознания. По предложению факультетов организует техническую, технологическую и производственную программу практик на основе заключения соглашений о сотрудничестве с промышленными предприятиями.

Со дня основания Высшего технологического колледжа легкой и пищевой промышленности Таджикистана (в настоящее время Технологический университет Таджикистана) в его структуре был образован Департамент науки и внедрения, руководителем которого по приказу первого ректора  Пулодова П.А. в 1990 году на должность проректора по науке и международным отношениям был назначен к.ф.-м.н., доцент Наджмиддинов С.Х.  В 1992 году к.ф.-м.н., доцент Ашуров С.Б. был назначен на должность проректора по науке, а затем – на должность проректора по учебной части и научной деятельности.

В 1993-94 годах профессорско-преподавательский состав  университета уже имел научный потенциал, что послужило основой выпуска первого научного журнала «Труды ТУТ».

В 1994 году к.т.н., доцент Шоев Н.Н. был назначен на должность проректора по науке, а в феврале 1994 года был приказ ректора о создании и публикации первого сборника научных трудов ТУТ – «Труды ТУТ».

Эта инициатива была направлена на развитие науки в университете. Теперь у преподавателей, а именно у молодых специалистов появилась, возможность в данном сборнике публиковать научные статьи и внести вклад в дальнейшее развитие карьерного роста ученого.

С1995 по 1997 годы на должность проректора по науке был назначен  к.ф.-м.н.  Ли И. Н.

С 1997 по 1999 год эту должность возглавлял д.э.н., профессор Усмонова Т.Дж..

1 ноября 1999 года при университете был открыт отдел аспирантуры.

За период функционирования отдела аспирантуры прошли обучение многие молодые аспиранты и соискатели.

С 2000 по 2009 г.г. д.т.н., профессор Азизов Б.С. исполнял обязанности проректора по  науке и международным отношениям.

С 2009 по 2019 гг.  кандидат технических наук, и.о. профессора Хакимов Г. К.  являлся  проректором по науке и внедрению ТУТ.

Технологический университет Таджикистана на основании Лицензии Министерства образования и науки Республики Таджикистан в 2016г. начал прием докторантов в докторантуру (PhD) по 7 направлениям и 10 специальностям.

С февраля 2019 по настоящее время  доктор технических наук,  профессор Гафаров А.А.  является  проректором по науке и внедрению ТУТ.